Скаченные и кэшированные архивные файлы deb
Если Вы вручную скачали файлы пакетов на Ваш жесткий диск (что, кстати, совершенно не нужно; смотрите описание программ dpkg-ftp или APT выше), то после установки пакетов Вы можете удалить файлы .deb из системы.
Если же используется система APT, то эти файлы кэшируются в каталоге /var/cache/apt/archives. Вы можете стереть их после установки (командой apt-get clean) или скопировать их в каталог /var/cache/apt/archives другой машины с целью экономии входящего трафика при последующих установках.